top of page

Publications in peer reviewed journals

*Corresponding author, #Equal contribution

​

  1. C. Remya, K.V. Dileep*. Exploring the binding mode of PQ912 against secretory glutaminyl cyclase through systematic exploitation of conformational ensembles. Chem. Biol. and Drug Des. 2021. (Accepted).                                                                                                                                                                                                                                  

  2. C. Remya, K.V. Dileep, E.K. Reddy, K. Mantosh, K. Lakshmi, R.S. Jacob, A.M. Sajith, E.J. Variyar, S. Anwar, K.Y.J. Zhang, C. Sadasivan, R.V. Omkumar*. Neuroprotective derivatives of tacrine that target NMDA receptor and acetyl cholinesterase - Design, synthesis and biological evaluation. Comput. Struct. Biotechnol. 2021. (In press).                                                                                                                                                                                                                                  

  3. S. Balan*, Y. Iwayama, T. Ohnishi, M. Fukuda, A. Shirai, A. Yamada, S. Weirich, M.S. Schuhmacher, K.V. Dileep, T. Endo, Y. Hisano, K. Kotoshiba, T. Toyota, T. Otowa, H. Kuwabara, M. Tochigi, A. Watanabe, M. Ohba, M. Toyoshima, T. Sasaki, K. Nakamura, M. Tsujii, H. Matsuzaki, K.Y.J. Zhang*, A. Jeltsch, Y. Shinkai, T. Yoshikawa. A loss of function variant in SUV39H2 identified in autism spectrum disorder causes altered H3K9-trimethylation and dysregulation of protocadherin β cluster genes in the developing brain. Molecular Psychiatry. 2021. (doi: 10.1038/s41380-021-01199-7).                                                                                                                                                                                                                                   

  4. S. Viswanadhapalli, K.V. Dileep, KYJ Zhang, HB Nair, RK Vadlamudi*. Targeting LIF/LIFR signaling in cancer.  Genes & Diseases. 2021. (In Press).                                                                                                                                                                                                                                  

  5. M. Janezic, K.V. Dileep, KYJ. Zhang*. A multidimensional computational exploration of congenital myasthenic syndrome causing mutations in human choline acetyltransferase. J Cell Biochem. 122 (8) (2021) 787-800.                                                                                                                                                                                                                                 

  6. C. Remya, K.V. Dileep, E.J. Variyar, K.Y.J. Zhang, R.V. Omkumar, C. Sadasivan*. Chemical Similarity assisted search for acetylcholinesterase inhibitors: Molecular modeling and evaluation of their neuroprotective properties. Int. J. Biol. Macromol. 174 (2021) 466-476.                                                                                                                                                                                                                                    

  7. K.V. Dileep, S. Naoki, K. Ihara, M.K. Murayama, A. Nakata, A. Ito, D.M. Sivaraman, J.W. Shin, M. Yoshida, M. Shirouzu, K.Y.J. Zhang*. Piperidine-4-carboxamide as a new scaffold for designing secretory glutaminyl cyclase inhibitors. Int. J. Biol. Macromol. 170 (2021) 415–423.                                                                                                                                                                                                                       

  8. M. Aditi, K.V. Dileep, K Mukesh, P Mukta, P Kavita, K.Y.J. Zhang, S. Vinod*, B.K. Binukumar*. ATP7A Clinical Genetics Resource – a comprehensive clinically annotated database and resources for genetic variants in ATP7A gene, Comput Struct Biotec (In press).                                                                                                                                                                                                                                  

  9. X. Yue, F. Wu, J. Wang, K. Kim, B. Santhamma, K.V. Dileep, K.Y.J. Zhang, S. Viswanadhapalli, R.K. Vadlamudi, G. Ahmed, Z. Feng, K. Nickisch, W. Hu*, EC330, a small-molecule compound, is a potential novel inhibitor of LIF signaling, J Mol Cell Biol 12(6) (2020) 477-480.                                                                                                                                                                                                                                  

  10. D. Vijayan*, R. Chandra, Amyloid Beta Hypothesis in Alzheimer's Disease: Major Culprits and Recent Therapeutic Strategies, Curr Drug Targets 21(2) (2020) 148-166.                                                                                                                                                                                                                                    

  11. H. Shabeer Ali, K. Ajesh, K.V. Dileep, P. Prajosh, K. Sreejith*, Structural characterization of Kannurin isoforms and evaluation of the role of beta-hydroxy fatty acid tail length in functional specificity, Sci Rep 10(1) (2020) 2839.                                                                                                                                                                                                                                    

  12. N. Krishnan, D. Perumal, S. Atchimnaidu, K.S. Harikrishnan, M. Golla, N.M. Kumar, J. Kalathil, J. Krishna, D.K. Vijayan, R. Varghese*, Galactose-Grafted 2D Nanosheets from the Self-Assembly of Amphiphilic Janus Dendrimers for the Capture and Agglutination of Escherichia coli, Chemistry 26(5) (2020) 1037-1041.                                                                                                                                                                                                                                    

  13. K.V. Dileep*, S. Ashok, C. Remya, K.Y. Dharmendra, H. Perez-Sanchez*, C. Sadasivan*, Indole fragments for the design of lead molecules against pancreatitis, Journal of Biomolecular Structure & Dynamics 38(1) (2020) 263-267.                                                                

  14. S. Viswanadhapalli, Y. Luo, G.R. Sareddy, B. Santhamma, M. Zhou, M. Li, S. Ma, R. Sonavane, U.P. Pratap, K.A. Altwegg, X. Li, A. Chang, A. Chavez-Riveros, K.V. Dileep, K.Y.J. Zhang, X. Pan, R. Murali, M. Bajda, G.V. Raj, A.J. Brenner, V. Manthati, M.K. Rao, R.R. Tekmal, H.B. Nair*, K.J. Nickisch, R.K. Vadlamudi*, EC359: A First-in-Class Small-Molecule Inhibitor for Targeting Oncogenic LIFR Signaling in Triple-Negative Breast Cancer, Mol Cancer Ther 18(8) (2019) 1341-1354.                                                                                                                                                                                                                                                                                                        

  15. D.K. Vijayan, K.Y.J. Zhang*, Human glutaminyl cyclase: Structure, function, inhibitors and involvement in Alzheimer's disease, Pharmacol Res 147 (2019) 104342.                                                                                                                                                                                                                                                                                                    

  16. H.B. Nair*, B. Santhamma, K.V. Dileep, P. Binkley, K. Acosta, K.Y.J. Zhang, R. Schenken, K. Nickisch, EC313-a tissue selective SPRM reduces the growth and proliferation of uterine fibroids in a human uterine fibroid tissue xenograft model, Sci Rep 9(1) (2019) 17279.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           

  17. K.V. Dileep*, C. Remya, I. Tintu, P.K. Mandal, P. Karthe, M. Haridas, C. Sadasivan*, Crystal structure of phospholipase A2 in complex with 1-naphthaleneacetic acid, IUBMB Life 70(10) (2018) 995-1001. This article has been selected as - Highlight of the issue and Cover page.  https://doi.org/10.1002/iub.1938.                                                                                                                                                                                                                                                                                                    

  18. K.V. Dileep*, K. Nithiyanandan, C. Remya, Binding of acarbose, an anti-diabetic drug to lysozyme: a combined structural and thermodynamic study, J Biomol Struct Dyn 36(13) (2018) 3354-3361.                                                                                                                                                     

  19. P. Haris, V. Mary, P. Aparna, K.V. Dileep, C. Sudarsanakumar*, A comprehensive approach to ascertain the binding mode of curcumin with DNA, Spectrochim Acta A Mol Biomol Spectrosc 175 (2017) 155-163.                                                                                                                                                     

  20. C. Remya, K.V. Dileep, E.J. Variayr, C. Sadasivan*, An in silico guided identification of nAChR agonists from Withania somnifera, Front Life Sci 9(3) (2016) 201-213.                                                                                                                                                                                                                                                                                                          

  21. E.K. Reddy, C. Remya, A.M. Sajith, K.V. Dileep, C. Sadasivan, S. Anwar*, Functionalised dihydroazo pyrimidine derivatives from Morita-Baylis-Hillman acetates: synthesis and studies against acetylcholinesterase as its inhibitors, Rsc Adv 6(81) (2016) 77431-77439.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         

  22. H.B. Nair*, B. Santhamma, N.K. Krishnegowda, K.V. Dileep, K.J. Nickisch, Effects of Combination of Estradiol with Selective Progesterone Receptor Modulators (SPRMs) on Human Breast Cancer Cells In Vitro and In Vivo, Plos One 11(3) (2016).                                                                    

  23. K.V. Dileep*, V. Vijeesh, C. Remya, Rational design and interaction studies of combilexins towards duplex DNA, Mol Biosyst 12(3) (2016) 860-867.                                                                                                                                                                                                                                                                                                          

  24. M.J. Tomy, C.S. Sharanya, K.V. Dileep, S. Prasanth, A. Sabu, C. Sadasivan, M. Haridas*, Derivatives Form Better Lipoxygenase Inhibitors than Piperine: In Vitro and In Silico Study, Chem Biol Drug Des 85(6) (2015) 715-721.                                                                                                                                                     

  25. K.V. Dileep, C. Remya, I. Tintu, M. Haridas, C. Sadasivan*, Binding of NDGA and morin with phospholipase A(2): experimental and computational evidences, Mol Simulat 41(4) (2015) 281-286.                                                                                                                                                     

  26. K.V. Dileep, C. Remya, J. Cerezo, A. Fassihi, H. Perez-Sanchez, C. Sadasivan*, Comparative studies on the inhibitory activities of selected benzoic acid derivatives against secretory phospholipase A(2), a key enzyme involved in the inflammatory pathway, Mol Biosyst 11(7) (2015) 1973-1979.                                                                                                                                                                                                                                                                                                         

  27. S.R. Aravind, M.M. Joseph, S.K. George, K.V. Dileep, S. Varghese, A. Rose-James, P. Balaram, C. Sadasivan, T.T. Sreelekha*, TRAIL-based tumor sensitizing galactoxyloglucan, a novel entity for targeting apoptotic machinery, Int J Biochem Cell B 59 (2015) 153-166.                                                                                                                                                                                                                                                                                                           

  28. M.J. Tomy#, K.V. Dileep#, S. Prasanth, D.S. Preethidan, A. Sabu, C. Sadasivan, M. Haridas*, Cuminaldehyde as a Lipoxygenase Inhibitor: In Vitro and In Silico Validation, Appl Biochem Biotech 174(1) (2014) 388-397.(#Equal contribution)                                                                                                                                                                                                                                                                             

  29. I. Tintu#, J. Abhilash#, K.V. Dileep#, A. Augustine, M. Haridas, C. Sadasivan*, A Lectin from Spatholobus parviflorus Inhibits Aspergillus flavus α-Amylase: Enzyme Kinetics and Thermodynamic Studies, Chem Biol Drug Des 84(1) (2014) 116-122. (#Equal contribution)                                                                                                                                                                                                                                                                                                       

  30. C. Remya, K.V. Dileep, I. Tintu, E.J. Variyar, C. Sadasivan, Flavanone Glycosides as Acetylcholinesterase Inhibitors: Computational and Experimental Evidence, Indian J Pharm Sci 76(6) (2014) 567-570                                                                                                                                                      

  31. K.V. Dileep, C. Remya, I. Tintu, C. Sadasivan*, Interactions of selected indole derivatives with COX-2 and their in silico structure modifications towards the development of novel NSAIDs, Journal of Biomolecular Structure & Dynamics 32(11) (2014) 1855-1863                                                                      

  32. K.V. Dileep, C. Remya, I. Tintu, M. Haridas, C. Sadasivan*, Inhibitory activity of IAA and IBA against lipoxygenase: in silico and in vitro validation, Mol Simulat 40(5) (2014) 418-422.                                                                                                                                                                                                                                                                                                          

  33. C. Remya, K.V. Dileep, I. Tintu, E.J. Variyar, C. Sadasivan*, In vitro inhibitory profile of NDGA against AChE and its in silico structural modifications based on ADME profile, J Mol Model 19(3) (2013) 1179-1194.                                                                                                                                                     

  34. K.V. Dileep, C. Remya, I. Tintu, C. Sadasivan*, Inhibition, ADME and structure based modification of IAA and IBA against acetylcholinesterase: an attempt towards new drug development for Alzheimer's disease, Front Life Sci 7(3-4) (2013) 164-173.                                                                                                                                                     

  35. K.V. Dileep, C. Remya, I. Tintu, C. Sadasivan*, Designing of multi-target-directed ligands against the enzymes associated with neuroinflammation: an in silico approach, Front Life Sci 7(3-4) (2013) 174-185                                                                                                                                                     

  36. K.V. Dileep, C. Remya, I. Tintu, M. Haridas, C. Sadasivan*, Interactions of selected indole derivatives with phospholipase A(2): in silico and in vitro analysis, J Mol Model 19(4) (2013) 1811-1817.                                                                                                                                                     

  37. S. Bhaskaran, K.V. Dileep, S.S. Deepa, C. Sadasivan, M. Klausner, N.K. Krishnegowda, R.R. Tekmal, J.L. VandeBerg, H.B. Nair*, Gossypin as a Novel Selective Dual Inhibitor of v-raf Murine Sarcoma Viral Oncogene Homolog B1 and Cyclin-Dependent Kinase 4 for Melanoma, Molecular Cancer Therapeutics 12(4) (2013) 361-372.                                                                                                                                                      

  38. V. Aparna, K.V. Dileep, C. Sadasivan, M. Haridas*, Computational and thermodynamic analyses of the phospholipase A(2) inhibition by erucic acid and linoleic acid, Med Chem Res 22(3) (2013) 1102-1106.                                                                                                                                                     

  39. J. Abhilash#, K.V. Dileep#, M. Palanimuthu, K. Geethanandan, C. Sadasivan, M. Haridas*, Metal ions in sugar binding, sugar specificity and structural stability of Spatholobus parviflorus seed lectin, J Mol Model 19(8) (2013) 3271-3278. (#Equal contribution)                                                                                                                                                     

  40. K.V. Dileep, M. Kelly, E. Hardin, C. Sadasivan, H.B. Nair*, Approaches in the chemoprevention of breast cancer,  J Cancer Sci Ther 5(8) (2013) 282-288.                                                                                                                                                                                                                                                                                                          

  41. I. Tintu, K.V. Dileep, C. Remya, A. Augustine, C. Sadasivan*, 6-Gingerol inhibits fungal alpha amylase: Enzyme kinetic and molecular modeling studies, Starch-Starke 64(8) (2012) 607-612.                                                                                                                                                     

  42. I. Tintu, K.V. Dileep, A. Augustine, C. Sadasivan*, An Isoquinoline Alkaloid, Berberine, Can Inhibit Fungal Alpha Amylase: Enzyme Kinetic and Molecular Modeling Studies, Chem Biol Drug Des 80(4) (2012) 554-560.                                                                                                                                                     

  43. C. Remya, K.V. Dileep, I. Tintu, E.J. Variyar, C. Sadasivan*, An in silico approach for the identification of inhibitors against Acetylcholinesterase, Med Chem Res 21(10) (2012) 2779-2787.                                                                                                                                                     

  44. C. Remya, K.V. Dileep, I. Tintu, E.J. Variyar, C. Sadasivan*, Design of potent inhibitors of acetylcholinesterase using morin as the starting compound, Front Life Sci 6(3-4) (2012) 107-117.                                                                                                                                                     

  45. K.V. Dileep, I. Tintu, C. Remya, M. Haridas, C. Sadasivan*, Studies of IAA and IBA as fungal a-amylase inhibitors using enzyme kinetics, molecular modeling and thermodynamics, Starch-Starke 64(12) (2012) 991-995.                                                                                                                                                     

  46. K.V. Dileep, I. Tintu, P.K. Mandal, P. Karthe, M. Haridas, C. Sadasivan*, Binding to PLA2 May Contribute to the Anti-Inflammatory Activity of Catechol, Chem Biol Drug Des 79(1) (2012) 143-147.                                                                                                                                                     

  47. V. Aparna#, K.V. Dileep#, P.K. Mandal, P. Karthe, C. Sadasivan, M. Haridas*, Anti-Inflammatory Property of n-Hexadecanoic Acid: Structural Evidence and Kinetic Assessment, Chem Biol Drug Des 80(3) (2012) 434-439. (#Equal contribution)                                                                                                                                                     

  48. K.V. Dileep, I. Tintu, N.V. Vinod, P.P. Saliha, C. Sadasivan*, Role of invariant water molecules in retaining the active site geometry of beta-lactamase: a molecular dynamics simulation study, Mol Simulat 37(15) (2011) 1234-1238.                                                                                                                                                     

  49. K.V. Dileep, I. Tintu, C. Sadasivan*, Molecular Docking Studies of Curcumin Analogs with Phospholipase A2, Interdiscip Sci 3(3) (2011) 189-197.                                                                                                                                                                                                                                                                                                        

  50. K.V. Dileep, I. Tintu, P.K. Mandal, P. Karthe, M. Haridas, C. Sadasivan*, Crystal structure of porcine pancreatic phospholipase A(2) in complex with 2-methoxycyclohexa-2-5-diene-1,4-dione, Front Life Sci 5(3-4) (2011) 135-139.                                                                                                                                                                                                                                                                                                     

  51. N.V. Vinod, R. Shijina, K.V. Dileep, C. Sadasivan*, Inhibition of Beta-Lactamase by 1,4-Naphthalenedione from the Plant Holoptelea integrifolia, Appl Biochem Biotech 160(6) (2010) 1752-1759.

​

Publications as book chapters

​

  1. KV Dileep, Venom as a Drug – pp: 197-204, Trends in Bioinformatics. Pointer publishers, Jaipur.  ISBN 81-7132- 461-4.                                                                                                                                                     

  2. KV Dileep, J Abhilash, A Sabu, C Sadasivan and M Haridas. Modeling of Tannin acyl hydrolase – pp: 188-199, Chemistry of Polyphenols. CiBET Publishers.  ISBN 978-81-920782-0-5.

​

Protein databank entries

​

  1. KV Dileep, G Tintu, P Karthe, PK Mandal, M Haridas and C Sadasivan.  Crystal structure of porcine pancreatic phospholipase A2 in complex with 2-methoxycyclohexa-2-5-diene-1, 4-dione. PDB ID: 3HSW.                                                                                                                                                     

  2. KV Dileep, G Tintu, P Karthe, PK Mandal, M Haridas and C Sadasivan.  Crystal structure of porcine pancreatic phospholipase A2 in complex with 1,2-dihydroxybenzene.  PDB ID: 3O4M.                                                                                                                                                     

  3. V Aparna, KV Dileep, P Karthe, PK Mandal, C Sadasivan and M Haridas.  Crystal structure of porcine pancreatic phospholipase A2 in complex with n-hexadecanoic acid.  PDB ID: 3QLM.                                                                                                                                                     

  4. KV Dileep, C Remya, G Tintu, P Karthe, PK Mandal, M Haridas and C Sadasivan.  Crystal structure of Porcine Pancreatic Phospholipase A2 in complex with 1-Naphthaleneacetic acid. PDB ID: 4O1Y.                                                                                                                                                   

  5. KV Dileep, K Ihara, N Sakai, M Shirozu, K.Y.J. Zhang. Crystal Structure of double mutant Y115E Y117E human Secretory Glutaminyl Cyclase. PDB ID: 7CP0.                                                                                                                                                                                                                                                                                                    

  6. KV Dileep, K Ihara, N Sakai, M Shirozu, K.Y.J. Zhang. Crystal Structure of double mutant Y115E Y117E human Secretory Glutaminyl Cyclase in complex with LSB-41. PDB ID: 7COZ.                                                                                                                                                                                                                                       

  7. KV Dileep, K Ihara, N Sakai, M Shirozu, K.Y.J. Zhang. Crystal Structure of double mutant Y115E Y117E human Secretory Glutaminyl Cyclase in complex with LSB-09. PDB ID: 7D8E.                                                                                                                                                                                                                                     

  8. KV Dileep, K Ihara, C Mishima-Tsumagari, M Kukimoto-Niino, M Yonemochi, K Hanada, M Shirozu, K.Y.J. Zhang. Crystal structure of human acetylcholinesterase. PDB ID: 7E3D.                                                                                                                                                                                                                                        

  9. KV Dileep, K Ihara, C Mishima-Tsumagari, M Kukimoto-Niino, M Yonemochi, K Hanada, M Shirozu, K.Y.J. Zhang. Crystal structure of human Acetylcholinesterase in complex with donepezil. PDB ID: 7E3H.                                                                                                                                                                                                                                      

  10. KV Dileep, K Ihara, C Mishima-Tsumagari, M Kukimoto-Niino, M Yonemochi, K Hanada, M Shirozu, K.Y.J. Zhang. Structure of human acetylcholinesterase in complex with tacrine. PDB ID: 7E3I                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 

bottom of page